A SECOF está organizada em grupos de trabalho em função das suas missões:

Distribuição farmacêutica e serviços associados
A distribuição assegurada pelos farmacêuticos associados deve ser reforçada com o objectivo de continuar a encarnar a única alternativa face à integração vertical da farmácia por investidores não farmacêuticos.
Desde a sua criação em 1999, a SECOF possibilita uma maior proximidade entre os grupos cooperativos bem como a partilha de conhecimentos. É por conseguinte, uma plataforma de troca para os responsáveis das cooperativas europeias de farmácia.

Promoção do farmacêutico independente
A Secof tem como vocação defender e promover os farmacêuticos como incontornáveis intervenientes na saúde pública.

Representações
O objectivo é justificar, argumentando, e influenciar decididamente as orientações europeias, em matéria de distribuição de produtos farmacêuticos.

O farmacêutico oferece todos os dias múltiplos serviços aos cidadãos europeus. Profissional, competente e disponível, orienta e aconselha os seus utentes permitindo o acesso seguro ao medicamento.

O lugar que o farmacêutico independente legitimamente ocupa está a ser posto em causa. A desregulamentação doutrinal e os interesses financeiros no mercado da saúde constituem a principal ameaça.
Neste contexto as cooperativas permitem aos seus sócios, transformar em oportunidades a evolução do contexto graças à mutualização de meios.
Para os farmacêuticos independentes a sua cooperativa representa uma dinâmica comum para ajuda ao seu desenvolvimento individual.